我觉得先看你选择的专业，这两个学校那一个在你选择的专业里比较强。当然南大是一所综合类重点大学，那么中科大则是中国科学院直属一所以前沿科学和高新技术为主的重点大学。其次中科大坐落在合肥，而南京大学则是在南京，也就是说你在选择专业的基础上好应该考虑一下未来4~5年的生活环境，以及学习环境。因为身处大学的我深知一个好的学习氛围很重要尤其在大学，当然这两所大学都是没的说的好。（但就环境而言我则更偏向于南京大学，可能跟我要考的CPU的研究生有关。当然我必须说实话我没有去过，所以这个有些偏见，此条不值得采取。）但城市也很重要，我建议你多访问一些相关论坛，加一些相关院校的QQ群。因为他们多为本校生比较了解。希望我的建议就只是个建议，你可以更多的考虑一下，可别影响你的决定。好好考虑一下。愿你终取初愿，一切顺意。加油↖(^ω^)↗（前两个图片为中科大后面为南大。如果你想好什么专业也可以告诉我我可以帮你参考一下啦！）
别让别人的答案左右你的选择，既然你可以考出这种分数就证明你有选择和思考的能力，就把别人的意见作为一个发散思维的方向，最终还要靠你决定，但你却要相信自己一切都是最好的选择。加油↖(^ω^)↗少年
地区很重要，作为一个合肥南京都待过的安徽人，觉得如果你将来想留江苏，甚至江浙沪，南大自然更好一点。南大的氛围也很好。我在南大读的研究生，蛮喜欢南大氛围，综合性大学，学生见识应该更广些。学校经常有话剧，有知名艺术家过来，不乏诺贝尔文学奖获得者。还有各种选修课、讲座沙龙等等，天文地理、人文哲学等等，无所不含。因为有文史哲专业，还能一睹一些名师风采。我想大学，不仅是学习知识，更是提升个人综合素质和文化修养。作为将来的高级知识分子，不能仅知学术，而无其他修养和学识。个人觉得学校实力相当情况下，城市更重要，氛围更重要。
南大给我印象深的还有另一点，对学生的尊重和人文关怀。这点是我在本科学校，未曾感受到的。有任何问题，老师和工作人员都会实实在在从学生角度考虑。
南大的杜厦图书馆，去一次，就会爱上的。还有社会学系下面，满满文艺风的咖啡厅。还有哈佛设计师主持设计的大学生活动中心。
可能我的回答，个人感情色彩有点浓了，但南大，确实是个好学校。
如果你潜心学术研究，将来不是准备出国深造就是准备进中科院，你可以考虑中科大
但你还不确定自己未来的规划，不知道应该做科研还是工作，同时想处在一个视野更广的城市，你可以考虑来南大
两校理科实力不分伯仲，都是国内顶尖紧跟北大。工科的话南大太少，除了上世纪早就有的计算机（软件和应用两个方向，没有偏硬件的方向），无线电通信，城乡规划等，别的都是近二十年新起步的，靠的是引进国内外师资（尤其是海归博士），还没有形成气候。而中科大本身就是个理工学校，有更多国内顶尖的工科学科（虽然相比一些巨型学校也不算特别多）。人文社科是南大相对中科大一个明显优势。南大有一个虽然平均教师水平很高平均经费很高但规模小的可怜在省内都没啥影响力的医学院（这可能是中科大和南大共同的一个问题，在整体经费不足的情况下，想拓展学科门类不兼并别的学校又想有较高水平只能减小规模导致没啥影响力）。
当然选南京大学，首先南京大学全国排名在中科大之上，南大氛围比较好，其次南京这个城市比合肥好太多，公共交通，商业，城建都很发达，如果在仙林校区，都有直达地铁去市中心，作为大学生的出行完全有了保障，还有未来就业，南京的就业机会比合肥多得多，南大得牌子在全国都响亮，南大毕业生平均月薪达到9000以上，所以肯定选择南大
都不错，关键看分数线，按往年理科分数线科大比南大略高，在华五分数线中，科大在复交和浙大之间，南大最后，不过如果你觉得去个大点的城市好就业好泡妞就去南大，如果想专心做科研就去科大
一个个吹牛逼都瞎几把扯，你当然选择清华北大啊。真要选你要看你自己喜欢的专业了。南大和中科大不分伯仲。南大是综合性大学，科大是理科工科类。不过话说回来了，你还是选南大吧，去了中科大10个有7去外国留学了，3个留国内搞科研，7个人中5个是不回国的。
如果都可以进的情况下，就如上面几个的回答，主要是考虑将来。你能不能静下心来面对相对枯燥的科大学习生活，还有大学之后的规划。中科大的出国留学或国内读研机会比南大多。另外就是专业的比较。以上综合比较如果是科大因素多就选科大，如果不是就南大。
看了几个答案，清一色的地域歧视。首先看你想读什么专业，南大综合，科大理科，如果你就想上四年出来找个工作，安安稳稳的过日子，选南大，如果你想在科学的道路上追求极致，科大是不二之选，科大的理科比南大强一截毋庸置疑。非理科专业读南大没错。科学无国界，更没有省界。
科大定位比南京大学高。科大是理工类专业没有限制。南京大学是综合性大学。南京大学和科大在一些学科上几近相同。我觉得这两个学校一样。可能有些小的地方有区别。但是科大发展以后肯定超南大。
首先给你赞一个，考得不错，其实选那个学校重点要看你自己的意愿，要考虑的因素很多，比如说学校排名啊，专业，学校地理位置，经济条件，自己家庭原因，或者有没有同学和自己一起去等等这都是你可能要考虑的因素。但就我个人而言我觉得去南京大学可能会适合一点，不是因为什么地域歧视的原因，首先这两所大学在教学方面各有优势，但是南京大学的专业更多更齐全，其次南京大学直属教育部管辖，在资源方面会有更多的方便，它的综合性也比较强
首先恭喜这位考生金榜题名！
我建议去南大！南大过的惬意一点，中科大活的心塞一点！
而且南京大学在计算机、软件领域的实力较强，中科大根本无法和南大相比。
1、南京大学拥有华东地区唯一的一个软件领域的重点实验室“计算机软件新技术国家重点实验室”，这个实验室是我们国家在软件领域唯一的被评为“优秀”的国家重点实验室。同时，南京大学也是华东地区在该领域中，唯一有全职院士、国家重点实验室和国家一级重点学科的高校。2、在国家“教育部学位中心”最新的排名（2007年）“0812计算机科学与技术”中，南京大学位列全国第8名，而中科大进入榜单。3、南京大学的软件工程专业招收本科学生，而中科大则没有软件工程专业的本科学生。4、计算机科学与技术授予的是理学学士、软件工程是工学学士。软件工程专业在第三、四年的学费达到12000~14000元，南大学费和北大、清华一样。南大软件工程的就业是有保证的，腾讯的联合创始人到普通产品经理有一半的人都来自于南大。希望我的回答可以对大家有所帮助！
首先恭喜你！首选南京大学，二者均为中国一流大学，但是南京这座城市是你不可拒绝的城市，选学校城市因素非常重要关乎以后得工作甚至定居点！最后，专业选择还是要看自己的兴趣，没有要求你具体到某一个具体专业，只要对某一方面稍微有兴趣即可！
如果你要是出国留学，一定要首选中科大，因为美国只认青北复科大四校。这两所学校都是理学非常顶级的大学，不分彼此，但是南大在南京，怎么也是个大城市，就业机会非常多。中科大在合肥，地理位置有些偏僻。
不知你这个分数能上浙大不？我是曾经的安徽考生，大学期间也去过不少大学，浙大给我印象最深。并且浙大发展势头很强劲，学习环境非常好，去过的人都很喜欢。不过非要在上述两个大学选，我建议南京大学，综合性大学整个环境会更好一点，我想你应该也是想出省吧，想出去看看，这是很多学生的想法吧……不过还是看你吧，再多了解吧，跟着自己的想法走吧。
首先你要定位自己能不能吃苦？如果只是本科毕业就业肯定南大好！地域决定的，毋庸置疑！如果你想出国深造成为精英，就选中科大！合肥没地方玩，大学四年就是高三那种学习强度，学习氛围好！
作为科大过来人给你个建议:真心喜欢学术就来科大，科大四年，每天过的和高三一样，而且化学物理等基础课，必修！好处是学科基础扎实。三分之一拿offer出国真不是吹的。南大很有实力，文理兼修
说四点：一、中科大有两院士50人，南大两院士30人。二、南大国家实验室一个，中科大有两个国家实验室（一个国家重点实验室投资一般为2亿左右，而一个国家实验室投资未10亿左右，国家实验室是我们国家重点实验室序列中等级最高、数量最少、投资也最大的，代表了我国相关领域的最高科技水平）。三、中科大录取分数比南大高，无论在哪个身份。四、中科大本科生质量全国最高，没有之一。
首推科大。搞学术么，在这两所学校中还是科大更适合。硬件条件不提，软件么，科大背靠中科院，资源丰富程度超出想象，未来读研的选择很多，可以读研究所、可以读本校，这个优势是任何学校不能比的。另外，科大的学习氛围很浓，始终都让你保持在一个紧张的状态下进行学习。近年科大在一些全球关注的前沿学科做出了很多成果，我相信，未来科大的前景将会更加美好。但是，科大是理工为主的学校，人文气息可能弱于南大这种综合大学。当然，也不是说科大就只是学习，各种社团活动也是丰富多彩的。
南大也是不相伯仲。综合大学，人文环境要比科大好，这是事实。南京城市上要比合肥发达，也是事实。
路过南大好多次，但因为都是工作关系路过，时间仓促，未能参观。
科大是母校，南大也是向往的大学之一。
所以出于感情还是为科大投票，为母校加分吧！！！
在安徽某工作，最近老家又有不少人打电话让推荐学校专业，让人纠结，但我不会给他们任何具体建议。
言归正传，科大和南大都是国内顶尖高校之一，C9联盟成员。对于高考考生来说，前面几位大神已经说了，左手右手很难说哪个好，各有特色。科大，南大都去过，只是去过，感觉科大学术氛围更浓，南大人文气息更浓。
自己上不了科大南大，想想以后自己的孩子能上南大是多么好的事。科大太苦，我孩子吃不了苦。