《虫师》
说到有着哲学深意的动画，我第一个想到的便是这个《虫师》这部作品有着很多人文主义情怀的东西，对“人”“自然”“世间万物”都存在了一种尊敬之情，而动画则是单元剧的形式放出，也是我接触最早的几个日本动画之一，那时候还小就看了这部动画，于是在那时候我便有了“保护自然，尊崇自然”的概念，而动画中的“虫”实际就是一种自然具象化的代表，也就是一种“自然意识”而动画的每集剧情，实际讲的都是人与自然的关系，一种日式的人文主义，人类原始社会对自然的哲学。
《三月的狮子》
可能更偏多数，这应该是对人性的哲学了吧，想起来B站搞了个动画艺术大赏，虽然我挺不认同那玩意的，但最佳动画依然是《三月的狮子》我倒是挺认同的，这是我近年来这喜欢的一部动画了，以日本传统棋艺“将棋”为主核心，讲述的是许许多多“将棋棋手”人生的故事，而每个故事是分大章节，大章节又细分许多的小章节，而每段章节都令我印象深刻，而其中最厉害的地方是，我记住最多的并不是动画中的剧情或者台词，而是画面，并不是镜头有多么的经典或者新颖，而是镜头的气氛渲染的特别强，乃至于有不少无声画面做的依然是很强。
《虐杀器官》
伊藤计划三部曲，这部是我唯一看懂的一部，语言对思维的影响，整部作品涉及“政治”“军事”“语言学”“人类学”“社会学”等等，属于一个不好好学习就看不懂动画剧情类型的作品，其他不论，语言学的基础，我还真是闲的没事了解过一点，所以三部曲《和谐》《尸体帝国》我就这一部看懂了，伊藤的作品都掺杂了许多元素与现实主义，甚至还预测了未来，可惜，死的早了点，但这几部作品，最推荐的是去看原作，等哪天原作全部看懂了解深刻了，你也就进化了。
《编舟记》
没东西说了，就把这部说了吧，想起来还是俩年前追的动画，要说哲学的话，动画倒是透着一种处事的哲学，编舟记这动画讲的是如何编撰词典的工作，编撰词典是非常枯燥而又无聊却完全不能出现一点错误，本作品更多的是歌颂了日本的工匠精神。
文：杰克
逛B站鬼畜逛多了，哲学的意味一下子想到了兄贵，我有罪(´･ω･`)
咳咳，正经来说，哲学意味的动漫，我的理解是讲述导演思想，而这个思想又具有一定的辩证性，嗯，就是讲一些道理，而这个道理又不能很直白？
第一个想到的是小时候在电视上看到的，中译的EVA，新世纪福音战士。
小时候看最后男主，在一个空白的空间里面自说自话，最后破碎，和大家又到了一起，一脸蒙蔽，不知道在讲什么233
EVA其实我一直没去仔细思考，但是里面涉及的宗教，使徒这些，感觉导演在讲一个不愿意让很多人了解的哲学思想，我是没怎么看懂，不过EVA还是很强的，大部分人公认的神作，推荐了解。
第二个想到春物，我的青春恋爱物语果然有问题，大老师的各种语录。这个就比较容易理解了感觉，主要是讲述人际关系相处的一些思想，自己一个人受伤换来对其他人都好的结局，你愿意去做嘛？感觉可以思考一下。
第三个想到完结不久的国家队，DarlingintheFRANXX，虽然前面讲述的都是青春群像，02和广主席的的情侣日常233但是到了结尾，一下子塞进来了很多导演的思考。精神的停滞永生和生命的自由变化，你选择哪一个？也展示了不同种类的感情，炽烈的，守护的，争斗的，百合的等等，也可以思考吧。
我觉得可以让人产生一些思考的动漫，应该就可以叫做有哲学意味的动漫了吧，首先就想到这3个了~
感谢邀请，说道哲学这个词可能有的朋友就会会心一笑了，因为在B站一类的网络社区，哲♂学已经脱离了本来的意思，所以看到这个问题其实我原本是打算真的推荐几部哲♂学大作的，不过想了想可能会被打还是算了吧，正儿八经推荐一部在我心中带有对人性和社会思考的作品。
这部作品叫《钢之炼金术师》。
看这部作品的时候我还很小，大概小学一二年级，偶然在书店看到了这部作品，但是翻来翻去说实话没看懂这书想说的，后来自己长大一些了，阅历丰富了，再回去看这部作品，才发现是一部多么伟大的作品啊。
他的其中饱含着对人性的思考，饱含着对于社会的反思，作为人造人们说代表的“罪”，炼金术所崇尚的“等价交换”，都给我的心里留下了深刻的印象。在娱乐化的故事内容中让人思考，我觉得这才是让人印象深刻的好故事吧。
青之文学，心理测量者，自新世界，死亡笔记，东京残响，尸鬼
还有一些有点深意好看的，只有我不在的街道，还有钢之炼金术师
还有世界第一初恋那啥够哲学了吗？
看到有些麻瓜号主，真的就配个图片来骗萌新吗
哲学是对宇宙基本规律的认知和思辨，动画中也会涉及到一些哲学，来让强化主题，或者让故事更加饱满，不过更偏向于对于“自我”的探究。
虐杀器官：
作品提出了一个有趣的理论，语言能通过暗示，激发人的潜意识，从而让善良的人相互残杀。同样，也可以通过药物来控制大脑，让士兵们成为无所畏惧，没有感情，没有痛苦的完美战士。
人是容易受外界影响的，大脑中产生的意识就能称为自我意识吗？
攻壳机动队：
包括剧场版在内的《攻壳机动队》系列的故事发生在网络技术和机器人技术都高度发达的未来世界，让我联想到以下这些问题：
1、当人失去了肉体，只剩下意识，还能被称为人吗？
2、那么当机器人获得了人的自我意识，又该如何定义？
3、在人类与AI的界限越来越模糊的未来，网络与现实的又该如何分辨，现在的你是真实存在的吗？
作品通过一系列事件，讨论了未来世界人与机械，人与社会的关系。至于如何理解，想必每个人看完之后都会找到自己的答案。
心理测量者：
TV版构建了一个反乌托邦社会，被控制的市民反抗极权，企图推翻系统的统治。而到了剧场版中，却承认了系统存在的价值。自由与秩序，到底那种才是人类社会进化的终点？
宝石之国：
不光是在讲磷叶石的成长，作品的内核是一种宗教哲学，将人分一分为三，通过对“魂”、“肉”、“骨”三者的剖析，来探讨人类的本质。
不请自来。
老白就简单的推荐3部哲学意味比较浓的动漫给你，喜欢的话可以去看看。（下面就不介绍剧情，直接里面的一些哲学）
第一部：卡里古拉(Caligula)
这是一部四月新番，男主很喜欢看书，尤其是哲学，因此说话的方式都是那种哲理话，同学都听不懂。这部番应该怎么说呢，大家都活在数据里面，只有男主和几个人是清醒的，他们要逃离这个数据，找到真实的自己。
第二部：《发条精灵战记》
男主是一个很喜欢科学的人，因此经常用科学方法来思考，这部动漫给我最多的感觉就是换位思考，用不同的思维去看待问题。也可以说这部动漫是迷信和科学的碰撞。
第三部：《恶魔人crybaby》
恶魔人是一部思考型哲学动漫，里面虽说没有哲学话题，但里面却演绎着哲学。比如：消灭人类只需要种下一个怀疑，这部动漫的人性刻画得很好。其实老白觉得，所谓的哲学就是我们所思考的人生，看完这部动漫，你会觉得其实人比恶魔还可怕。
以上这三部，有时间你可以去看看。