说明能力高不是排名高低的主要参考。依据只能问李世民
这类排名，除了能力外，还要看功绩。具体到凌烟阁的排名，功绩分两种，一种是助大唐开疆扩土的功绩，一种是助李世民登大位的功绩。另外，与李世民的亲疏关系多少也是因素之一。综合考虑，凌烟阁的排名就好理解了。
要平衡各方面政治势力而已，不是光凭能力
除了能力和成绩，还有重要的一项就是领导对你的看法。
秦叔宝与徐世绩均是瓦岗寨的人，而派秦王李世民的原班人马，而且秦叔死得也早，徐世绩赐姓是莫大的荣耀，并是李世民留给李治的托孤大臣，所以在李世民时排名靠后是恰当的。
看见的时候走了
论功行赏的时候领导的喜好谁乖巧加分巨大！
秦没有参与玄武门之变，而是选择中立。
历史上的程咬金地位远比秦琼高，而且是主要独挡一面的大将。参与了玄武门之变。弃王世充，投李唐也是他带的头，一下子带过来十三员猛将，其中就有秦琼，罗士信。战功卓著，历史上除李世民，李孝恭，李靖，徐茂公，程是唯一可以统帅大军的高级将领。隋唐称一路行军大总管。
首先是秦琼没有参加玄武门兵变，因为他忠于李渊，跟建成哥儿几个仇也不大，是个忠于李唐的老实人，不愿意看他们骨肉相残。二是兵变以后表现也不积极，有心灰意冷之嫌，或是看到李渊被逼退位不舒服。而尉迟恭绝对忠诚于世民，事变当天元吉差点杀死世民是尉迟恭鼎力相救杀死元吉，且逼李渊就范，徐世绩跟叔宝有点相似，主要是并没有参加玄武门之变，关键时刻没有站队秦王。
任何功臣排名应在文武方面考良，主要在于第一和最末。凌烟阁第一为长孙无忌，这是文臣第一，从亲戚到忠诚度到国家稳定谁能可比。从开国将帅的帅丶大将丶上将、中将丶少将排位就是想进一步都难的地步。而秦叔宝做为隋唐演义的穿线人物，隋唐第一猛将，武将中的代表，想入二十四功臣榜，谁又能过此关？皇帝的儿女亲家，贴身侍卫，李氏各派认可人物，每战第一先锋，万军中取上将首级如探囊取物。我想武官中谁人可比，本应该排名更靠前，但贞观帝为压众人，为平衡各派力量，为盛世和谐，只能让后期在家养病，并评选时已逝的爱将做一次垫底牺牲了。
正史中，秦叔宝是帮李渊打天下的大将，很受李渊的赏识，而且私下和太子建成的关系也不错，玄武门之变时秦叔宝属于中立派，并没有参与其中。李世民上位后，秦叔宝就开始装病，几乎没有任何战功，装病12年后去世，所以在凌烟阁的排位很靠后。
排名不止是功劳，还有亲疏，有你在李世民心中的份量，据说有的人没有参加玄武门之变。
程知节、秦叔宝都是瓦岗军中骁将，程知节是李密亲卫骑兵的长官，秦叔宝号称万人敌，能于万马丛中取上将首级，是如假包换的顶级猛将。李密失败后，程、秦等人转投王世充部下，因为不满王世充的人品，临阵逃奔李世民。
李世民征刘武周、擒尉迟敬德、灭王世充、虎牢关之战，程、秦二人都冲锋在前，立下不世之功。他们的能力素质比较单一，勇多于智，唐统一之后迅速淡出了政治中心。
贞观十八年太宗东征高丽，李靖等老将都无法从征，李勣跟随出征，战绩非常辉煌。
但就是这样一个功劳显著的名将，太宗却一直刻意压制着。二十四功臣之中，论军功他仅次于李靖，但排名却是尴尬的倒数第二。太宗去世前，甚至还把他贬为一个州的都督，官级连降好几级。
到底是为什么呢？《旧唐书》的说法是，太子李治对李勣没有什么恩义，无法驾驭这样一个威名素著的老将，所以故意打击之，等太子嗣位后再予以提拔。
太宗死后，李勣迅速恢复原职，高宗任命其为尚书仆射，成为名副其实的宰相。为了表彰他历年来的功劳，高宗下令重新描绘他在凌烟阁的画像。李勣也不负高宗的期望，在乾封元年（666年）以75岁高龄挂帅出征高句丽，从鸭绿江一直打到平壤城，以碾压之势打破城池，生俘高句丽王高藏、王子高男建、高男立，高句丽又一次被置为唐朝的州县。这份功劳，实可与李靖相提并论了。
五代刘昫作《唐书》，盛情赞美李勣，“近代称为名将者，英、卫二公，诚烟阁之最”，可谓中肯之论。
凌烟阁24功臣，主要是按官职排序，当然官职也基本是功劳的体现，基本规律如下:
1、按官职大小。官职，实授先于死后追赠。凌烟阁设立于贞观17年，当时有几个已经去世，追赠司空，而长孙无忌是生前实授司空，排名当然靠前，那几个虽然是追赠的，但也是三公之一的司空，排名也要靠前。何况，死者为大。秦琼当时官职最小，排名垫底。
2、高祖旧臣。跟随李渊从太原起兵的功臣排位均靠前，论资排辈，人家参加革命早，别人没什么可说的。
3、玄武门兵变功臣，有一说是共九人，大功者五人。尽管都参与兵变，角色不同功劳也就不同，最先猜到李世民心思倡议兵变者肯定首功，执行最坚决的也是奇功，如尉迟恭，程咬金号称兵变主要打手，所以排在秦琼之前，秦琼据说也参加了兵变，貌似功劳不如别人，所以获封不大。
至于能力功劳，不要被评书所误导。
第一，秦琼只是单挑能力强，根本就没有独立领兵作战能力；
第二，秦琼的声望有很多是投唐以前的，对大唐的战功很有限；
第三，李绩战功很多是在凌烟阁以后获得的；
第四，他们二人都是降将，没有自己的班底；
第五，别被小说和传说骗了。
你隋唐演义看多了，谁告诉你程咬金不如秦琼的。程咬金历史中八次担任行军大总管，而秦琼和尉迟恭加起来才四次，秦琼一次。而且唐朝初期规定，只有皇帝的儿子并且有统兵之能才能担任兵马大元帅，初期只有李建成和李世民担任过，程咬金虽然没有担任过兵马大元帅一职，但履行过大元帅的职责，如果程咬金没有能力，能担任八次行军大总管吗？如果不是程咬金尉迟恭坚持，秦琼连凌烟阁都进不去。而且唐朝是一个很奇怪的国度，做为唐朝将领，你想成为唐朝名将，不灭掉一个国家，你都不好意思称自己是名将。另外，侯君集都不是秦琼比的上的
因为24贤首先按照对玄武门的功绩来算得，徐世绩（其实是《隋唐演义》的徐茂公）是武将仅次于李靖的武将，号称战神，其之后只有薛仁贵勉强可以算。但是在玄武门事变中，徐和李靖作为武将不参与政治保持中立并没有参与玄武门之变，而徐的主要功绩是作为太宗死后顾命大臣辅佐李治的。在李治朝作为首相，唐同中枢门下三品平章事就是丞相级别咯。后来大破高丽。
秦琼也未参与玄武门之变，而后因早年战争一生伤病差英年早逝。
柴绍是平阳公主的驸马，平阳公主可以历史上第一个娘子军啊，公主在初期为李渊招募7W兵士的，历史上唯一一个以军礼下葬的公主。柴主要功绩是前期，但是个人觉得肯定参与玄武门事件，而且是外戚排名当然靠前。
尉迟敬德多次救太宗于万军之中，一生伤痕累累。玄武门亲手杀死李元吉。估计是太宗第一战将。是将军不是帅才，只有李靖和徐世绩才算大唐军神。
程咬金也是参与玄武门之变的重要将领。
参与玄武门之变的是：长孙无忌、尉迟敬德、侯君集、张公谨、刘师立、公孙武达、独孤彦云、杜君绰、郑仁泰、李孟尝、屈突通、房玄龄、杜如晦、宇文士及、高士廉、程知节、秦叔宝（未参与，但后被封赏）、段志玄、张士贵
凌烟阁功臣顺序是按照本人气生前所担任的最高官职（包括赠官），并非是全部功劳，重点也是按照玄武门的功绩来算的。
贞观十七年，李世民年迈体衰，人一老便开始怀念往事，遥想当年金戈铁马意气风发，大生感触，为纪念当初一同打天下治天下的各位功臣，命阎立本在凌烟阁内描绘了二十四位功臣的图像，褚遂良题字，第一位功臣长孙无忌，秦琼名列最末一位，而在民间与他齐名的尉迟恭名列第七。
凌烟阁二十四功臣排名
凌烟阁二十四功臣：长孙无忌，李孝恭，杜如晦，魏征，房玄龄，高士廉，尉迟恭，李靖，萧瑀，段志玄，刘弘基，屈突通，殷开山，柴绍，长孙顺德，张亮，侯君集，张公谨，程知节，虞世南，刘政会，唐俭，徐世绩，秦叔宝。
据说凌烟阁功臣排名遵循两点：
一：参与玄武门之变有功在前，没有参与的在后。
二：官大功大在前，以左为尊。
史书中记载：贞观十七年的时候长孙无忌是司徒，所以排第一。
李孝恭、杜如晖、魏征、房玄龄都是司空，因为前三个已经去世所以司空是赠官，死者为大，所以李孝恭排第二。
秦琼在玄武门之变前功劳和官职都在尉迟恭之上，在李渊当皇帝的时候就已经封了翼国公。
但是尉迟恭在玄武门之变前后的表现，尉迟恭和长孙无忌侯君集不停的劝唐太宗要先下手为强，尉迟恭还威胁唐太宗，你要是不先下手除掉建成元吉，我就不跟你混了，我就颠了，我不能在这儿坐等建成元吉来杀我。
同时尉迟恭还准备了800勇士控弦披甲只等秦王下决心。而此时，李世民也把尉迟恭当成了自己的绝对心腹。你看这么整，不靠前也不行啊！
再看看和秦琼一起投唐的程咬金，这时候他已经改名叫程知节了。李建成李元吉为了削弱秦王的力量，让程咬金远离京城去做康州刺使，程咬金和李世民说：
建成元吉把我赶出京城，这是打算砍您的左右手，下一步就是朝你心脏扎一刀了，所以我哪儿也不去，就留在秦王您的身边，作您的左右手，大不了一死而已。表忠心都是这么整，人心也都是肉长的，谁也喜欢“先锋”！
而秦琼呢，在李世民登基后，就伤病复发，已不能再立大功，玄武门之变也没有参加（仅旧唐书说参加），再者，秦琼生前官职左武卫大将军，仅是正三品。贞观十一年秦琼去世，他的最高官职是徐州都督（赠官），所以他的赠官最小，如此，秦琼被列在最末并不奇怪。
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那个时候还没有一句叫：排名不分先后，按姓氏笔画为序一说，才给后人带来了诸多的猜测！